De hoofdontwikkelaar van Assassin's Creed Shadows verzekert spelers dat het kiezen van een enkele hoofdrolspeler hun ervaring niet significant zal beïnvloeden. De game bevat twee speelbare personages: NAOE, een vrouwelijke shinobi en Yasuke, een historische Afrikaanse samurai, wiens inclusie de discussie voor de release heeft gegenereerd.
Er ontstonden bezorgdheid dat de focus op één personage kan leiden tot het missen van cruciale plotpunten of gameplay. Creatief directeur Jonathan Dumont ging over deze zorgen en beschrijft zijn eigen evenwichtige aanpak: hij speelt meestal 3-5 uur met het ene personage voordat hij 2-3 uur naar het andere overschakelt.
Dumont verduidelijkte echter dat spelers niet ernstig zullen worden benadeeld door één personage te begunstigen. Terwijl elke hoofdrolspeler unieke openingssequenties en persoonlijke verhaallijnen beschikt, past het verhaal van de game zich aan aan de keuze van de speler. Hij moedigt spelers aan om prioriteit te geven aan hun favoriete personage:
"De kerngameplay blijft consistent, ongeacht je keuze. Je zult geen grote plotelementen missen. Elk personage heeft zijn eigen introductie en missies, maar de algehele ervaring is ontworpen om flexibel te zijn. Speel als je favoriet; het verhaal zal zich aanpassen."