Pemaju utama Assassin's Creed Shadows 'memberi jaminan kepada pemain bahawa memilih protagonis tunggal tidak akan memberi kesan kepada pengalaman mereka. Permainan ini mempunyai dua watak yang boleh dimainkan: Naoe, seorang wanita shinobi, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah, yang dimasukkannya telah menghasilkan perbincangan pra-pelepasan.
Kebimbangan timbul yang memberi tumpuan kepada satu watak mungkin membawa kepada titik plot yang hilang atau permainan. Pengarah Kreatif Jonathan Dumont membincangkan kebimbangan ini, menggambarkan pendekatan seimbangnya sendiri: dia biasanya bermain 3-5 jam dengan satu watak sebelum beralih ke yang lain selama 2-3 jam.
Walau bagaimanapun, Dumont menjelaskan bahawa pemain tidak akan menjadi sangat teruk dengan memihak kepada satu watak. Walaupun setiap protagonis mempunyai urutan pembukaan yang unik dan jalan cerita peribadi, naratif permainan ini menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dia menggalakkan pemain untuk mengutamakan watak pilihan mereka:
"Permainan teras tetap konsisten tanpa mengira pilihan anda, anda tidak akan terlepas elemen plot utama. Setiap watak mempunyai pengenalan dan pencarian mereka sendiri, tetapi pengalaman keseluruhan direka untuk menjadi fleksibel.
