हत्यारे के पंथ छाया के प्रमुख डेवलपर ने खिलाड़ियों को आश्वासन दिया कि एक एकल नायक चुनना उनके अनुभव को काफी प्रभावित नहीं करेगा। खेल में दो खेलने योग्य पात्र हैं: नाओ, एक महिला शिनोबी, और यासुके, एक ऐतिहासिक अफ्रीकी समुराई, जिनके समावेश ने पूर्व-रिलीज़ चर्चा उत्पन्न की है।
चिंताएं पैदा हुईं कि एक चरित्र पर ध्यान केंद्रित करने से महत्वपूर्ण प्लॉट पॉइंट या गेमप्ले लापता हो सकता है। क्रिएटिव डायरेक्टर जोनाथन ड्यूमॉन्ट ने इन चिंताओं को संबोधित किया, अपने स्वयं के संतुलित दृष्टिकोण का वर्णन करते हुए: वह आमतौर पर 2-3 घंटे के लिए दूसरे पर स्विच करने से पहले एक चरित्र के साथ 3-5 घंटे खेलता है।
हालांकि, ड्यूमॉन्ट ने स्पष्ट किया कि खिलाड़ियों को एक चरित्र का पक्ष लेने से गंभीर रूप से वंचित नहीं किया जाएगा। जबकि प्रत्येक नायक अद्वितीय उद्घाटन अनुक्रमों और व्यक्तिगत स्टोरीलाइन का दावा करता है, खेल की कथा खिलाड़ी की पसंद के लिए अनुकूल है। वह खिलाड़ियों को अपने पसंदीदा चरित्र को प्राथमिकता देने के लिए प्रोत्साहित करता है:
"कोर गेमप्ले आपकी पसंद की परवाह किए बिना सुसंगत रहता है। आप प्रमुख प्लॉट तत्वों को याद नहीं करेंगे। प्रत्येक चरित्र का अपना परिचय और quests है, लेकिन समग्र अनुभव को लचीला होने के लिए डिज़ाइन किया गया है। अपने पसंदीदा के रूप में खेलें; कहानी समायोजित करेगी।"
