El desarrollador principal de Assassin's Creed Shadows asegura a los jugadores que elegir un solo protagonista no afectará significativamente su experiencia. El juego presenta dos personajes jugables: Naoe, una femenina Shinobi, y Yasuke, un samurai africano histórico, cuya inclusión ha generado una discusión previa a la liberación.
Surgieron preocupaciones de que centrarse en un personaje podría conducir a faltar puntos de trama cruciales o juego. El director creativo Jonathan Dumont abordó estas preocupaciones, describiendo su propio enfoque equilibrado: generalmente juega 3-5 horas con un personaje antes de cambiar al otro durante 2-3 horas.
Sin embargo, Dumont aclaró que los jugadores no serán desventajados al favorecer a un personaje. Si bien cada protagonista cuenta con secuencias de apertura únicas y historias personales, la narrativa del juego se adapta a la elección del jugador. Anima a los jugadores a priorizar su personaje preferido:
"El juego central sigue siendo consistente independientemente de su elección. No se perderá los principales elementos de la trama. Cada personaje tiene su propia introducción y misiones, pero la experiencia general está diseñada para ser flexible. Juega como su favorito; la historia se ajustará".